STAP細胞論文に関する懲戒処分についての記者会見の際に、理研は刑事告訴の可能性について検討するとしていたが、告訴は見送られることとなったとの報道があった。
http://www.yomiuri.co.jp/science/20150316-OYT1T50081.html

この告訴見送りは事実を推定するにあたってわりと大きな意味を持つ。

もしも理研が、小保方氏が単独でES混入をした可能性が高いと判断していた場合、暴挙としか言えない石川氏の場合と違って理研には告訴するだけの根拠があるし、刑事告訴し事件化した方が詐欺師に騙された被害者の立場を取れるので、理研にとって大きなメリットがある。小保方氏が単独で詐欺行為を働いていた場合、理研が小保方氏を守る理由などどこにもないわけで、被疑者不詳の偽計業務妨害罪で告発して捜査を司法に任せることで、名誉毀損などの訴訟の危険を負うこともなく真相解明に繋げることが出来るし、それが理研の信用回復のために最も効果的な対応と言えるだろう。

もし本当に誰かが故意に混入させた可能性が高いのであれば『告訴の要件に該当するような疑義がない』とはならないわけで、仮に捜査が行われた結果として犯罪性が認められずに立件に至らなくても理研には何の責任も生じない。理研は被害を報告すれば良い事なので、そこに犯罪性があるかないかは理研が立証すべきことではない。
なのに告訴をしなかったということは、理研本部も小保方氏はやっていないと認識している可能性が高く、それは即ち石川氏が刑事告発した窃盗事件も存在しないということだし、そうなると告発者側に何らかの嘘がある可能性も出て来る。あるいは、不正調査にあたって関係者がなんらかの不法行為を働いていて、それを表沙汰に出来ないという可能性もあるかも知れない。
いずれにせよ、小保方氏が故意にES混入をした事実はなかったと言って良いだろう。